Футболист выступает за казанцев с 2010 года. Действующий контракт игрока с «Рубином» рассчитан до июня 2016 года. В феврале казанцы начали поиски новой команды для 28-летнего бразильца. Ожидается, что Карлос Эдуардо после расторжения контракта подпишет соглашение с бразильским «Атлетико Минейро».
Ранее Карлос Эдуардо выступал за бразильские «Гремио», «Фламенго» и немецкий «Хоффенхайм». В текущем чемпионате России он провел за «Рубин» 16 матчей и забил один гол.